Un jeune homme, Kaneda, est frappé d'amnésie due à un traumatisme après avoir découvert le corps de sa camarade de classe et amie, Hiwako Shima. Après ...Après avoir été récupéré à l'hôpital par un mystérieux bienfaiteur, il reprend l'école et tente de reconstituer ses souvenirs de l'incident. Pour rendre les choses plus confuses, ses souvenirs enfouis se sont manifestés sous la forme d'un être surréaliste, dont la tête a la forme d'un croissant de lune. Ensemble, ils se mettent en route pour résoudre le mystère du meurtre d'Hiwako.