Shigeru Mikami est un jeune lycéen qui crée des jeux et dont le rêve est de créer le jeu ultime. Dans ce but, il rassemble des recherches, mais après ...rès avoir percuté quelqu’un, il trouve un CD étrange, « Not Alive ». Il décide de l’essayer et se retrouve propulsé dans un autre monde, celui du jeu. Tout d’abord ravi de cette découverte, il va vite se rendre compte que ce jeu est rempli de secrets et que sa vie s’en retrouvera chamboulée.