Sora vit avec ses amis Riku et Kairi sur une petite île perdue dans l'océan. Rêvant d'aventures, ils construisent un radeau destiné à franchir les mer ...s mers. Mais à la veille de leur départ, l'île est attaquée par d'étranges créatures: les Sans-Coeur. Rikku disparait, happé par un flot de ténèbres, alors que Kairi se volatilise étrangement. Sora, lui, parvient à se défendre grâce a une épée en forme de clef, qui le transporte involontairement dans un autre monde. Ailleurs, dans une toute autre ambiance, l'atmosphère est plus électrique. Le Roi a disparu. Son magicien Donald et le chef de la garde Dingo partent à sa recherche. C'est au cours de ce voyage qu'ils rencontrent Sora, échappant de peu à une nouvelle attaque des Sans-cœur. L'épée qu'il porte, la keyblade, serait une arme essentielle pour l'avenir des mondes. Sora, Donald et Dingo, décident de rechercher ensemble leurs amis disparus. C'est le début d'un long voyage, à travers les différents monde de Disney. Car si la Reine de cœur avait été allergique aux poils de chat, tout aurait été différent...