Dans la ville de Fuyuki, au Japon, une guerre se prépare dans l'ombre. Sept mages ayant le titre de " Masters " invoquent des héros des temps passés, ...s, des " Servants ", et combattent jusqu'au dernier. Le dernier se voit alors accorder le Saint Graal qui peut lui exaucer un vœu. Peu de gens savent quand commence cette guerre et ce qu'est le Saint Graal exactement, mais la guerre du Graal est sur le point de débuter cette année-là.Le héros de cette histoire est Shirô Emiya, orphelin qui a perdu sa famille dans un incendie il y a 10 ans et qui a alors été adopté par un homme qui s'est présenté à lui comme un mage. Par admiration pour son père, le jeune homme s'est exercé à la magie, mais il n'a guère de talent et peut à peine utiliser un seul type de magie. Son père adoptif désormais décédé au début de l'histoire, il est alors un mage sans réel pouvoir ni savoir. Cependant, il est impliqué dans la guerre du Graal lorsqu'il invoque Saber, un des plus puissants Serviteurs....