Ce manga prend place un an après la fin de la saison 1 diffusée en anime en 2007 : Darker Than Black Kuro no keiyakusha. Hei et Yin se trouvent toujou ...ours à Tokyo et continuent de traquer des entrepreneurs. De son côté Misaki travaille toujours dans la police tout en gardant l'espoir de retrouver Hei. Ils se retrouvent tous les deux à poursuivre un même entrepreneur ayant commis des meurtres.