Dans un futur proche où l'homme a colonisé Mars, Cowboy Bebop nous conte les aventures d'une équipe de chasseurs de primes pas tout à fait comme les a ...es autres, sillonnant l'espace à bord de leur vaisseau spatial... Spike, expert en arts martiaux flegmatique, est ici entouré de plusieurs personnages atypiques, de Jet, l'ex-flic devenu capitaine de vaisseau, à Faye, ancienne joueuse professionnelle toujours obnubilée par l'argent, sans oublier Ed, jeune génie de l'informatique, ou encore Ein, le chien savant... Ce quintette hétéroclite, avec son amour de l'investigation et ses nombreux contacts, est toujours au courant des infos de dernière minute concernant les criminels les plus recherchés. Dans l'espoir d'empocher de rondelettes récompenses, Spike et ses acolytes se transforment donc en justiciers intéressés dès qu'une occasion se présente et mettent sur pied des plans plus ou moins tordus afin d'attraper leurs proies, souvent retorses.