Une jeune fille de 15 ans, Momiji, apprend le même jour qu'elle avait une soeur jumelle et que cette soeur vient de disparaitre. Elles descendent tout ...tes les deux de la lignée des Kushinada, dont la mort peut endormir les aragami, des genres de monstres qui naissent de graines bleues qui ont la forme du symbole du Yin ou du Yang. Et justement les aragami sont sur le point de se réveiller. Momiji est prise en charge par la division du gouvernement combattant les aragami. Il y a également un jeune homme semi-aragami, Kusanagi, dont on ne connait pas les intentions.