Dû au réchauffement planétaire et à la montée des océans au 21ème siècle, la plupart de la masse planétaire a été perdue.Au même moment, des flottes ... des flottes de puissants vaisseaux doués de sensation et d'une origine inconnue armés de technologies et d'armes avancées, connus sous le nom de "Flotte du Brouillard", ont facilement vaincu les forces navales mondiales.La Flotte du Brouillard impose un blocus marin et aérien et prévient ainsi l'humanité de voyages à travers les mers.Dix-sept ans après la bataille, pour quelques raisons, Gunzou Chihaya et son équipe, à bord du I-401 et de sa personnification (modèle mental), Iona, ont engagés un combat contre la Flotte du Brouillard.