L'histoire se déroule au collège Kunugigaoka. Koro-sensei est une étrange créature qui a détruit 70 % de la lune. Il prévoit ensuite de détruire la Terre en mars prochain. Il se présente ensuite au gouvernement et annonce vouloir devenir le professeur principal de la classe 3-E pour pouvoir les former en tant qu'assassins et éliminer leur cible : Koro-sensei (professeur).
En plein Japon féodal, entre les périodes Kamakura et Muromachi, notre héros Hojo Takatoki est un garçon en fuite que l'histoire a pratiquement oublié ! Lorsque le shogunat de Kamakura est renversé par Ashikaga Takauji, la famille et la position de Takatoki lui sont retirées, ce dernier devant fuir aux confins du pays pour survivre et accomplir sa vengeance !
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