Yûji Sakai est un étudiant qui voit son existence changer lors de sa rencontre avec la Flamme Haze. Alors qu'il n'a d'autres choix que de regarder des individus brûler par des flammes bleues alors que le temps est figé, un monstre venu d'ailleurs se rend compte que contrairement aux autres humains, il peut se mouvoir et l'attaque. Shana, ou Flamme Haze, le sauve d'une mort certaine. La jeune fille lui explique qu'en réalité, il est déjà mort et qu'il est une Torche : un être de remplacement de l'original qui disparaît petit à petit. Continuant sur sa lancée, Shana lui explique qu'il est une Torche spéciale puisqu'il possède un Trésor en lui que beaucoup convoite. Yûji découvre alors que les monstres viennent d'monde parallèle, Guze, et décide de s'allier à Shana pour découvrir ce qu'il est réellement.
Set in the 16th century in Europe, this is a prequel story of Shakugan no Shana. In the world where the seals didn’t exist, the Great War burst between the Flame Hazes and the Crimson Denizens. The story centers around Mathilde Saint-Omer, the former “Flame-Haired Burning-Eyed Hunter” and reveals details that haven’t been explained in Shakugan no Shana.