"Rien n'est impossible si l'on met son cœur à l'œuvre" C'est ainsi que Mio a été élevée par son tuteur, Reki, un type plutôt paresseux. Née sur une île d'arbres géants, elle ne connais pas le monde extérieur, et Mio s'ennuie... Jusqu'à ce que Sarah arrive. Sara est une membre d'une organisation qui explore et étudie de nombreux «foyers», dont l'île de Mio. Elle voit en l'exploratrice son ticket pour l'aventure! Mais l'excitation est à son comble quand Sarah lui parle d'une école spéciale...
Leur ville est remplie de criminels et trois lycéens, Yugo, Rikiya et Tasuku (surnommés les Crushers) sont déterminés à nettoyer la ville par tous les moyens, même si cela signifie utiliser la violence. Au cours d'une nuit typique 'de nettoyage', Tasuku rencontre une jeune fille faite prisonnière., laquelle le sauve d'une attaque mortelle à l'aide d'une vision... Mais Tasuku voit sur la main de la fille un symbole du passé qu'il croyait perdu à jamais...
Kosaki aime en secret Raku, un des garçons les plus populaires de son lycée. Elle lui prépare des pâtisseries, mais le résultat n’est jamais à la hauteur de ses espérances ! Un jour, une étrange petite créature lui propose de devenir une “Magical Girl”. Pour sauver Raku, qui vient d’être pris en otage, Kosaki accepte, mais ce pacte contient une clause pour le moins surprenante…