L'histoire se déroule au collège Kunugigaoka. Koro-sensei est une étrange créature qui a détruit 70 % de la lune. Il prévoit ensuite de détruire la Terre en mars prochain. Il se présente ensuite au gouvernement et annonce vouloir devenir le professeur principal de la classe 3-E pour pouvoir les former en tant qu'assassins et éliminer leur cible : Koro-sensei (professeur).
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