Une joueuse de Elushyia Online, un jeu VR très réaliste, décide de passer sa classe de Healeuse en classe de Sage après l'avoir monté au niveau maximal pendant 3 ans avec ses amis. Le problème, c'est que pendant qu'elle souhaitait devenir Sage, l'interface du jeu lui disa les mots suivants : "Désormais, tu vas aller dans le vrai Elushyia, n'est-ce pas ?", et qui elle, rétorqua par un "Oui !" à la halte, et désormais, la joueuse en question est devenue une sage mais... Elle est désormais dans un nouveau monde, Elushyia, et en prime, au niveau 1.
Clannad se déroule dans un lycée situé dans une ville japonaise. Tomoya Okazaki est un élève de troisième année qui ne prend pas ses études au sérieux. Toujours en retard en classe, il est considéré comme un délinquant par le reste de ses camarades de classe qui sont occupés à préparer leurs examens d'entrée. Inutile de dire qu'il n'a pas beaucoup d'amis proches non plus. Tomoya ne semble pas s'en soucier non plus, jusqu'à ce qu'il rencontre quelques autres filles de son école. Bien qu'il ne s'intéresse pas beaucoup à elles au début, il leur ouvre bientôt son cœur à mesure qu'ils apprennent à mieux se connaître. Clannad est un drame romantique pour la jeunesse qui sera probablement plus terre à terre que les autres œuvres de Key. Mais comme Kanon et Air, l'histoire de Clannad devrait être une nouvelle fois émouvante et déchirante, basée sur le jeu du même nom.